微生物洁净室也可以称为微生物实验室，多应用于学校、药厂、科技实验室等多处领域。其洁净度是由室内空气中微生物、灰尘等污染物的数量来划分的。每立方米将小于0.3微米粒径的微尘数量控制在3500个以下，就达到了ISO洁净室100级标准。微生物实验室一般包括清洁区、操作区和无菌区三个区域，可划分为准备室、培养室、菌种室、消毒室、无菌室等多个房间。在微生物实验室规划、设计和建设中，空气洁净度成为关键的因素。
参考ISO的标准。1.万级微生物洁净室要求如下：每立方米尘埃允许数：大于等于0.5mm尘埃小于等于350000粒；大于等于5mm尘埃小于等于2000粒；每立方米浮游菌数：小于等于100粒；每培养皿沉降菌数：小于等于3粒。2.十万级微生物洁净室要求如下：每立方米尘埃允许数：大于等于0.5mm尘埃小于等于3500000粒；大于等于5mm尘埃小于等于20000粒；每立方米浮游菌数：小于等于500粒。每培养皿沉降菌数：小于等于10粒。
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