依据P3实验室的特性，在其设计中要考虑以下几点因素：
1.一次隔离设备 P3实验室里设计安装一次隔离设备配备生物安全柜，为全排型。其排风由两部分组成，一是安全柜内部通过操作区的层流送风，使制品在百级环境下操作，这部分风量约占柜总排风量的60%，另一部分是通过操作窗口从外部吸入安全柜的排风道入口，使操作过程的气流保持在柜内不向外漂移而直接流入安全柜的排风道。
2. P3实验室的气流方向为单方向流动，明确划分出清洁区、半污染区和污染区。以污染区为核心经过多重屏障和洁净区分离。污染区压力以保证气流是从低污染度流向高污染度。该实验室试验间负压为-40Pa，准备间为和实验室的排风均经过两道高效过滤器后的负压管道到二楼顶上以大于12m/s的风速排向空中，达到防止病原体从实验室中逃逸的目的。
3. P3实验室的空调系统 P3实验室的空调系统独立而复杂。独立是指一个在分隔的独立区域专门作的一个空调系统;复杂是空调系统要和一次隔离的设备混合完成二次隔离且在系统配置上有变风量阀件和自己设计的带灭菌装置的排风高效过滤器等。
4. P3实验室的其它设施均严格控制 P3实验室电气实行双路供电，对P3专用脉动真空消毒器设备的给排水、蒸汽、真空排气等均由设备自身处理达标后方可排放。实验室必需的CO2气体管线设有在线过滤器和止逆阀，由机房进入P3准备间。各种设施的设置和安装均不能破坏P3实验室的气密性。P3实验室的自控系统为分布式控制，有上位机、下位机和通讯系统。
5. P3实验室设计施工的安全使用除设计之外要验收合格，必须严格执行《生物安全手册》。
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